Durch die Verbreitung des Christentums und die aufstrebende Kirche wurde die Heilkunde in den Hintergrund gedrängt. Heilpflanzen verloren ihre ursprünglichen Namen und wurden lateinisch übersetzt. Der Reichenauer Mönch Strabo beschrieb um 830 in dem 444 Versen starken Lehrgedicht 24 Kräuter und Zierpflanzen.

Mit den Kreuzzügen im Morgenland gelangten immer neue Gewürze nach Mitteleuropa. Jedoch waren die Preise hierfür so hoch, dass der Erwerb nur den Priviligierten möglich war. Kaufleute berechneten so hohe Gewinnspannen, dass einige von ihnen sehr reich wurden.

Die Kräuterheilkunde war zu jenen Zeiten verboten und wurde auch streng verfolgt. Brachiale Strafen hielten jedoch einige Gelehrte und Kräuterweiber nicht ab, das Wissen anzuwenden und weiterzugeben. Im 13. Jahrhundert trennte man Pharmazie von der Medizin in eigenständige Berufsgruppen, wodurch auch die ersten Apothekergärten entstanden.

Mit Einführung des Buchdrucks lebte Vergessenes und Verborgenes wieder auf und es entstanden eine Vielzahl an Kräuterschriften. Diese Aufklärungswelle wurde jedoch von der Hexenverfolgung unterdrückt. Im 16. Jahrhundert hielten schlussendlich die Kräuterpflanzen Einzug in die ersten Bauern- und Hausgärten.